En el año 2006 surgió un conflicto entre el señor Arzobispo de Lima y la Pontificia Universidad Católica del Perú. La discrepancia radicaba en la interpretación de los testamentos de don José de la Riva Agüero, quien nombraba en ellos a la PUCP como heredera y propietaria absoluta de sus bienes luego de transcurridos veinte años de su muerte. Paralelamente Riva Agüero creó una Junta de Administración para el sostenimiento de la Universidad Católica y el cumplimiento de los encargos, legados y mandas que estableció en sus testamentos.

La PUCP considera que la vigencia de la junta para la administración de los bienes concluyó cuando la Universidad adquirió su propiedad. A partir de ese momento la competencia de la Junta se limitó al cumplimiento de las mandas y encargos. El Arzobispo estima que la Junta es perpetua y que por tanto debe seguir administrando los bienes de la Universidad heredados de Riva Agüero.